漆黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機構，盜走了記載著各國諜報機構重要數據的絕密文件的絕密數據。日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一配音）旋即與間諜展開追逐。最后，逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天，柯南（高山南配音）和伙伴們來到東都水族館觀光，結果發現一名受傷的美麗女子（天海佑希配音）。該女子處于失憶狀態，身上的手機也破損無法使用。柯南等人答應要幫她恢復記憶，當他們七嘴八舌之際，藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德（小山茉美配音）冷冷地注視著這一切。在相處過程中，女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀（林原惠美
在遠離大都會的小山村，住著巫女世家出身的高中女孩宮水三葉（上白石萌音配音）。校園和家庭的原因本就讓她充滿煩惱，而近一段時間發生的奇怪事件，又讓三葉摸不清頭腦。不知從何時起，三葉在夢中就會變成一個住在東
殷商末年，東海大將夜叉密謀篡權，企圖暗害龍王之女以達成他統治東海的目的。不料其陰謀被陳塘關總兵李靖之子哪吒無意撞到。為了掩人耳目，夜叉將暗害龍女的罪名嫁禍給哪吒，將其變為龍族的公敵。而在另外一方，哪吒受怪仙太乙真人之命前往金光洞修道，途中遇到了遭遇夜叉暗害而失去記憶的龍女，以及精通變化和遁地之術的土行孫，三人都被太乙真人收為門徒。就在哪吒一行人潛習法術之時，夜叉卻率龍宮重兵來到了陳塘關，大戰一觸即發。