陽光明媚的一天，東都體育場正進行一場東京Spirit和大阪鋼巴的精彩足球比賽，江戶川柯南（高山南配音）、灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博士以及少年偵探團的伙伴們齊齊到場吶喊助威。城市的另一邊，事務所內的毛利小五郎（小山力也配音）卻接到一通恐怖襲擊的電話。經過一番努力，小蘭（山崎和佳奈配音）終于擺脫新一解開了犯人留下的暗語，成功拯救了無數人的生命。在此之后，警方和毛利一方鎖定了數名嫌疑人，并隨之展開調查。與此同時，躲在暗處的犯人繼續策劃新一輪的襲擊，前所未有的大挑戰，爭分奪秒的對決，裹挾著無數怨恨的襲擊強勢襲